Во время Токийского саммита происходит взрыв, а на одном из сайтов появляется загадочное видео, где замечен Тору Амуро — сотрудник Бюро безопасности, известный также как Зеро. Ситуация усложняется, когда выясняется, что Рэй Фуруя, детектив и ученик Когоро Мори, на самом деле является агентом Чёрного синдиката под именем Бурбон. В итоге под подозрение в организации взрыва попадает сам Когоро Мори. Чтобы спасти своего друга и наставника, Конан начинает собственное расследование, в котором ключевую роль может сыграть таинственный Амуро.