В деревне у фамильного поместья мальчик Махито живет под тенью нечастых визитов отца, занятых на оборонном заводе, и чаще всего оставлена одна с пожилой прислугой и беременной мачехой. Со временем вокруг него нарастает ощущение тревоги из-за странной серой цапли, которая прямо с первого дня начинает беспокоить мальчика. Через три года после начала войны мама мальчика погибает в пожаре в Токио; спустя еще один год отец женится на сестре покойной женщины и отправляет Махито жить в родовое имение. Глава семьи редко бывает дома, поэтому повседневная жизнь мальчика превращается в череду подозрений, вопросов и ограничений. В этом окружении появляется таинственный голос птицы, обещающий привести мальчика к матери, если он последует за ней в башню, окруженную местными легендами. Махито колеблется между желанием увидеться с матерью и страхом перед таинственным путём. У новой среды появляется собственная сеть правил и запретов, которые он вынужден соблюдать, чтобы не навлечь на себя гнев людей и обидеть близких. Путь к башне становится для мальчика испытанием осторожности, доверия и смелости. Сама башня хранит множество тайн и каждый шаг по её ступеням ставит под сомнение правильность выбора. Шепот птицы заставляет Махито подвергать сомнению свои воспоминания и мотивацию взрослых вокруг него. Он пытается понять, где заканчивается любовь и начинается обман, и где прячутся ответы на вопросы о матери. Ведущий мотив истории — путешествие ребенка через тревогу к возможному пониманию своей семьи и смысла своей принадлежности. Конфликт нарастает из-за подозрительной природы птицы и скрытых смыслов башни, которые требуют от мальчика мужества и ясности в взглядах на прошлое. Постепенно герой учится распознавать опасность, но и остаётся в ловушке неопределенности, ведь никто точно не знает, что ждёт его за дверью башни. Финал остаётся открытым для размышления о том, сможет ли Махито найти свой путь домой и понять истинные намерения взрослых в его жизни.