По мотивам исторического романа Индрека Харгла «Аптекарь Мельхиор и Призрак колодца» второй фильм трилогии о Мельхиоре переносит зрителя в ранний XV век Таллина, где ночной сторож дрожит перед призраком погибшей дочери богатого купца. Утро приносит новые беды: в высокой башне найден охранник, а вокруг повторяются загадочные несчастные случаи и гибели людей. В расследовании аптекар Мельхиор Вакенстед сталкивается с цепью неясных следов, которые ведут к зияющим тайнам монастыря Пири́та и к мрачной памяти города. Вместе с ним на путь сыщика выходят блудница и священник, иностранный художник и опасный еретик, и все они переплетаются в узел подозрений и лжи. Подсказки подталкивают героя к глубине монастырских стен, где за запавшими сводами таится истина, способная изменить судьбы многих. Возрастает напряжение: почему возлюбленная Кетерлин внезапно разрывает помолвку, и какие секреты прячет каждый участник этой сложной цепи событий? Мельхиор неустанно ищет ниточки между убийствами и сталактитами прошлого, пока город дышит под завесой тревоги и загадки. Его выборы становятся испытанием чести и верности, ведь каждый шаг может обернуться новой ловушкой. Между подозрением и правдой рушатся границы доверия, и судьба жителей Таллина висит на тонкой нити. Постепенно выясняется, что призрак и загадочное происшествие связаны с давним забытым секретом, который может изменить весь ход дела. В этой напряженной дуге Мельхиор пытается разобрать клубок лжи, где каждый персонаж хранит свою причину и мотив, и лишь терпение расследования позволяет приблизиться к ответу. Финал держит в напряжении: удастся ли аптекарю раскрыть истину и сохранить тех, кого любит, не став жертвой опасной игры?