В 1969 году, в ранние дни существования "Людей в чёрном", у агентов не было ни имён, ни отпечатков пальцев, ни семьи. Они отказались от нормальной жизни, чтобы защищать Землю от инопланетных угроз, а звёздное небо для них навсегда перестало быть спокойным. Спустя десятилетия эту нелёгкую службу продолжает агент Джей, он видит, что его напарник Кей скрывает какую-то тайну, но правда оказывается страшнее любых предположений. Защитного галактического щита, который Кей якобы построил, не существует. Кей был убит в 1969 году, и теперь Джей должен отправиться в прошлое, чтобы спасти напарника и предотвратить катастрофу. Путешествие во времени переносит его в самую гущу событий, к истокам организации, где правила только начинают писаться. Там ему предстоит столкнуться с инопланетным убийцей, который изменил ход истории, и встретить молодого Кея, ещё не циничного ветерана, а дерзкого новичка, не знающего, какой груз ляжет на его плечи. Теперь Джей понимает: если он ошибётся, будущего, которое он знает, просто не станет. И на кону не только жизнь друга, но и судьба всего человечества.