Воздушный флот WILLE проводит успешную операцию в Париже, отражая атаки армии беспилотных роботов. Активация гигантского уплотнительного столба не только восстанавливает город, но и позволяет добыть ценные боеприпасы и запчасти для «Евангелионов». Тем временем Синдзи, опустошённый после смерти Каору и едва не совершённого Четвёртого удара, вместе с Рэй покорно следует за Аской. Их путь приводит троих в Третью деревню — уцелевшее поселение, жители которого из последних сил пытаются построить мирную жизнь среди руин прежнего мира.