Тридцатичетырёхлетний Сусуму Накоси, бывший страховщик, а ныне бездомный, живёт в своей машине и страдает от потери памяти и эмоциональной опустошённости. Его жизнь меняется, когда студент-медик Манабу Ито предлагает ему стать участником необычного эксперимента — трепанации черепа. Сусуму даёт согласие, и после операции обнаруживает странную способность: закрывая правый глаз, он начинает левым видеть гомункулов — таинственных сущностей, скрытых от обычного взгляда.