В канализационных трубах Нью-Йорка четыре обычные черепашки и крыса по имени Сплинтер подверглись воздействию радиоактивных отходов, что привело к их невероятной мутации. Черепашки обрели человеческий рост и разум, а Сплинтер, в прошлом питомец японского мастера ниндзя, обучил своих подопечных боевым искусствам. Теперь Леонардо, Рафаэль, Микеланджело и Донателло, скрываясь от мира, находят союзника в лице смелой тележурналистки Эйприл О’Нил. Вместе им предстоит выйти из тени и противостоять растущей волне преступности, терроризирующей улицы города.