Гениальный учёный Шурагами создаёт суперорганизм Биолланте, используя радиоактивные клетки Годзиллы, чем привлекает внимание международной мафии. Тем временем извержение вулкана пробуждает самого Годзиллу, спавшего на дне Токийского залива. Жители Японии в панике: встреча двух монстров неизбежна, и в живых останется только один. На этот случай силы самообороны приготовили новейшее оружие «Супер Икс-2», чтобы уничтожить того, кто выйдет победителем из этой титанической схватки.