«Чёрная лагуна» — это не просто название небольшой контрабандистской команды на судне, курсирующем по опасным водам Южно-Китайского моря. Это целый мир теневого бизнеса, где переплетаются интересы мафиозных кланов со всего света. Действие разворачивается в мифическом пиратском городе Роанапур, ставшем ареной жестокой борьбы за влияние между группировками из Италии, России, Колумбии и Китая. Сериал показывает тёмную изнанку жизни Таиланда, Филиппин и других стран региона, где каждый груз может стать последним.