Профессор университета, открыв запретный свиток, оказывается одержим древним японским демоном грома и молнии, стремящимся прорваться в наш мир. Для расследования инцидента Бюро по исследованию паранормальных явлений направляет Хеллбоя и его команду. Однако, прикоснувшись к таинственному самурайскому мечу, сам Хеллбой исчезает, перенесясь в призрачное измерение, населённое существами из японских легенд. Тем временем агенты Кэйт Корриган и Рассел Торн пытаются настичь одержимого профессора, чтобы найти способ вернуть своего коллегу из мира духов и монстров.