На протяжении многих лет в океане бесследно исчезают корабли, а выжившие свидетели говорят о встрече с таинственным Кораблём-призраком. Вскоре в Токио появляется гигантский робот Голем, разрушающий городские кварталы и называющий себя посланцем этого призрачного судна. На улицах начинают бесследно пропадать люди, и все уверены, что это дело рук таинственного корабля. Лишь отважный Хаято сомневается в очевидном и решает отправиться в опасное путешествие, чтобы раскрыть секрет Корабля-призрака и его загадочного капитана.