В 2036 году, спустя два десятилетия после масштабной ядерной катастрофы, центральная часть Японии представляет собой безжизненную радиоактивную пустыню. Для работы в этой зоне методом генной инженерии были созданы люди, невосприимчивые к радиации с рождения, — элитный отряд «Коппелион». Трёх девушек из этого подразделения отправляют в сердце заражённой территории — опустевший Токио. Их миссия — найти возможных выживших и раскрыть истинные причины трагедии, произошедшей двадцать лет назад.