В 1999 году, до появления расы Зентради, падение инопланетного корабля дало человечеству доступ к сверхтехнологиям и спровоцировало затяжную войну между ООН и силами АнтиООН. Молодой пилот ООН Шин Кудоу, управлявший истребителем F-14, был сбит и оказался на отдалённом тропическом острове Майян. Местное племя, выходившее лётчика, хранит тайны Протокультуры — древней внеземной цивилизации. Шин начинает понимать, что аномалии этого острова тесно связаны с той самой технологией, из-за которой идёт война.