Подросток Аято Камина живёт в Токио, который, как ему кажется, оправился от таинственного вторжения много лет назад. Его привычная реальность рушится, когда он узнаёт, что на самом деле находится внутри изолированного купола, где время течёт иначе, чем в остальном мире. Судьба сводит его с гигантским биомеханическим существом по имени Ра-Зефон, и юноше предстоит стать его пилотом, чтобы защитить тех, кого он любит, и раскрыть правду о своём прошлом и истинной природе реальности.